O cardeal também foi acusado de desviar grandes quantias para a sua diocese natal, na Sardenha. Um dos beneficiários de 125 mil euros (R$ 807,5 mil), segundo a Catholic News Agency, teria sido uma organização beneficente administrada pelo seu irmão. Há ainda uma acusação de que ele pagou cerca de 600 mil euros (R$ 3,87 milhões) a outra investigada, Cecilia Marogna, para auxiliar no processo de libertação de uma freira sequestrada em Mali.
Os desvios financeiros foram julgados por tribunais no Vaticano e no Reino Unido e ambos condenaram Becciu. O tribunal da Igreja o impôs, em 2023, uma pena de cinco anos e meio de prisão por desvios de verbas públicas, corrupção e lavagem de dinheiro, mas ele segue em liberdade porque ainda recorre da decisão. De acordo com a sentença, ele também foi permanentemente barrado de ocupar cargos públicos e deve pagar uma multa de 8.000 euros (R$ 51,7 mil).
Ainda durante a investigação, em setembro de 2020, Becciu já havia se demitido do cargo de prefeito da Congregação para as Causas dos Santos e aberto mão de seus direitos cardinalícios. Francisco aceitou a decisão e até, em 2022, chegou a convidá-lo para um consistório sobre reformas do Vaticano – o que ele usa atualmente para justificar seu reestabelecimento como eleitor do Colégio de Cardeais.
Mas, em 2023, meses antes do julgamento, Becciu tentou persuadir o papa a assinar uma declaração de que teria autorizado a compra do imóvel londrino. Francisco se recusou. Segundo a Catholic News Agency, diante da negativa, Becciu ligou para o pontífice e disse que a resposta teria sido muito formal, em estilo “judicial”, que não se assemelhava a um pai espiritual.
Ele secretamente gravou a ligação com o papa, de acordo com a agência, na esperança de usar a resposta em sua defesa. Mas Francisco apenas respondeu que o enviasse anotações sobre quais seriam suas justificativas para o que ele gostaria que o papa escrevesse. Dias depois de uma nova carta de Becciu, Francisco rebateu que ele o havia compreendido mal, que não retiraria sua posição e que sentia informá-lo, mas não poderia “concordar com o seu pedido de declarar formalmente ‘nada’ e, portanto, ‘descartar’ a carta que já escrevi para você”.
Agora, Becciu diz que Francisco perdeu a fé nele, mas defende sua inocência. Pouco antes da Páscoa, ele escreveu ao decano do Colégio dos Cardeais, o cardeal Giovanni Battista Re, e aos demais integrantes reforçando seus argumentos. Com a morte do papa, ele diz que Francisco nunca o excluiu, explicitamente, de um conclave.